Você precisa mover os caracteres 2 %
intermediários da seguinte maneira, para que eles fiquem ao lado da área de transferência. (Você parece ter inserido o '' 'n' 'no meio do %clipboard%
)
Clipboard = %Left%%'nclipboard'n%%Right%
i.e. isso seria uma melhoria:
Clipboard = %Left%'n%clipboard%'n%Right%
Se isso ainda não funcionar, há um exemplo específico em Tutorial e visão geral do AutoHotKey que fala sobre o uso de '' 'r'n' 'para adicionar o retorno de carro e o avanço de linha.
(Dependendo da plataforma em que você estiver, os arquivos de texto terão finais de linha diferentes: consulte O Grande Cisma da Nova Linha )