Existem algumas coisas que podem estar acontecendo.
1) faça complete | grep ls e veja se há alguma conclusão especial para ls. Pode haver código que está mudando o que você espera que a conclusão faça
2) do echo $CDPATH Esta variável é uma lista de diretórios especiais que o bash irá procurar, fora do diretório local, por cd . Eu não tenho certeza se eu uso isso, mas vale a pena tentar.
Você também pode tentar locate Documents e ver se encontrou um diretório que possa estar tentando referenciar.
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Parece que você está usando o pacote bash_completion. Ele tenta executar a função _longopt quando você solicita a conclusão. Experimente complete -f ls e veja se ls agora se comporta conforme o esperado.