A diferença entre o ventilador da CPU e o ventilador do sistema é que o primeiro é aquele conectado ao dissipador de calor do processador, e o último é geralmente em um dos lados do gabinete para dissipar o ar quente. O BIOS determina qual é qual, no entanto, pelo simples fato de que um está conectado ao plugue cpu_fan da placa-mãe e o outro está no sys_fan, então ele pode ser revertido sem muito problema se alguém tiver qualquer razão oculta para fazê-lo (ou apenas um plug quebrado).
Você pode usar o computador sem um sys_fan com segurança, contanto que o cpu e os outros componentes funcionem em temperaturas dentro de suas faixas de segurança, o que é bastante provável, mesmo sem o ventilador do sistema, contanto que o computador não esteja sob carga pesada ou naturalmente com fome.