O ar frio deve entrar na frente e o ar quente deve sair da parte de trás do PC. Isso é para garantir que o calor máximo seja absorvido pelo ar conforme ele viaja pela caixa e que o ar continue se movendo e não fique preso dentro da caixa.
Alguns PCs também têm entradas de ar frio acima da CPU. Isso é para garantir que a CPU sempre tenha ar frio, mesmo se os itens na frente do PC (discos rígidos) estiverem aquecendo o ar de entrada dianteiro.
Para uma leitura interessante sobre a questão da transferência eficiente, veja como funcionam as guelras de peixe. Eles colocam CO2 na água, mas a transferência de calor para o ar é um processo similar (em termos de fluxo). ; -)