Talvez o ffmpeg / mencoder (disponível em qualquer plataforma).
Para dividir:
ffmpeg -ss [start_seconds] -i [input_file] -t [duration_seconds] [outputfile]
Por exemplo:
ffmpeg -ss 2 -i input.avi -c copy -t 4 video1.avi
ffmpeg -ss 8 -i input.avi -c copy -t 2 video2.avi
Para mesclar:
mencoder -ovc copy -oac copy video1.avi video2.avi -o output.avi
Se o seu vídeo / áudio estiver fora de sincronização, talvez seja necessário recodificá-los, por exemplo, com XviD para um contêiner AVI e áudio MP3:
ffmpeg -ss 2 -i input.avi -c:v libxvid -qscale:v 3 -c:a libmp3lame -q:a 3 -t 2 output.avi
Altere o parâmetro qscale
para um valor mais baixo para maior qualidade e o mesmo para q:a
para as partes de áudio.