Antes do ext4, mudei meu backend do mythtv para o JFS para todas as suas unidades, simplesmente porque o JFS oferecia a melhor velocidade versus uso da CPU ao lidar com arquivos que eram 1G maiores. Isso foi especialmente verdadeiro ao comparar a velocidade de exclusão com o ext3.
A única área em que tenho visto alguma pergunta é lidar com muitos e muitos arquivos abertos ao mesmo tempo. Supostamente, o JFS não se sai tão bem neste cenário quanto algumas das outras opções, mas para meu aplicativo (armazenar muitos arquivos de vídeo, com muito pouco acesso simultâneo) isso não é um problema.
Eu não comparei as coisas com o ext4, já que eu não sinto a necessidade de reconstruir a máquina neste ponto, então YMMV.
Naturalmente, as isenções de responsabilidade de "se não for NTFS, o Windows não o lê" se aplicam.