Obviamente, a unidade D: parece não ser a que você espera.
Quando inicio meu Windows a partir de um disco rígido virtual, todas as unidades são trocadas também.
No menu de reparação / tela, você pode pressionar Shift + F10 no teclado para obter um prompt de comando.
Use os seguintes comandos para determinar seus discos rígidos:
C:\Windows\system32>diskpart
Microsoft DiskPart version 6.1.7601
Copyright (C) 1999-2008 Microsoft Corporation.
On computer: My-PC
DISKPART> list volume
Como não sei exatamente o problema, aqui estão algumas suposições de solução que podem ajudar. A partir desse prompt de comando, você pode reparar manualmente o seu sistema com:
Reparar arquivos do sistema:
sfc /scannow
reconstruindo o BCD
bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot
bootrec /rebuildbcd
Analisando seu disco em busca de problemas:
chkdsk D: /f
onde D: refere-se à sua partição do sistema.