Uma maneira simples seria simplesmente usar encontrar com a opção -links
.
Especificamente, você gostaria de fazer algo como find path -type f -links 1
.
Eu não testei, mas acredito que um comando como esse excluiria todos os arquivos com vários links.
# you might not need to escape the !, depends on your shell
# should find all the files that do NOT have a link count of 1 and delete them
find path -type f \! links 1 -print -delete