Você tem um erro em sua sintaxe.
Tente isto:
vmware-vdiskmanager.exe –r "C:\Users\Mike\Documents\Virtual Machines\Windows Server 2008 R2 x64\Windows Server 2008 R2 x64.vmdk" –t 0 singlefile.vmdk
Ou você pode criar o novo disco em um diretório:
vmware-vdiskmanager.exe –r "C:\Users\Mike\Documents\Virtual Machines\Windows Server 2008 R2 x64\Windows Server 2008 R2 x64.vmdk" –t 0 "C:\Users\Mike\Documents\Virtual Machines\singlefile.vmdk"
Mas você precisa executar esses comandos em um console com direitos de administração.