Veja o manual (o meu é meu):
This program extracts specific parts from a Matroska™ file to other useful formats. The first argument, mode, tells mkvextract(1) what to extract. Currently supported is the extraction of tracks, tags, attachments, chapters, CUE sheets and timecodes.
A ferramenta tem apenas um propósito muito específico, ou seja, extrair partes de um arquivo MKV. Isso é mais fácil de implementar do que recombinar áudio e vídeo ao mesmo tempo, o que envolveria a criação de outro contêiner e a sincronização de ambos os fluxos. Eu acho que isso está muito além do escopo de uma ferramenta de extração.
Se você quiser recombinar, precisará de outra ferramenta, conforme sugerido pelo manual mkvextract :
H.264 / AVC video tracks are written to H.264 elementary streams which can be processed further with e.g. MP4Box™ from the GPAC™ package.
Usar o ffmpeg também seria uma opção, é claro. Se a única coisa que você quer é obter vídeo e som de um arquivo MKV, então você só quer transcodificar o arquivo em algo diferente. Por exemplo, o comando a seguir copia apenas o conteúdo do fluxo (por exemplo, vídeo h.264 e áudio AAC) e transcodifica um MKV em um MP4:
ffmpeg -i infile.mkv -vcodec copy -acodec copy outfile.mp4