Eu tive exatamente o mesmo problema, e isso me deixou louco. Você precisa alterar a ordem dos layouts de teclado:
- Clique no ícone do teclado (ou Sistema- > Preferências- > Teclado)
- Ir para layouts
- Clique no layout Dvorak e clique em
Move Up
até chegar ao topo
Parece que o Gnome usa o top para os atalhos de teclado, mas todos os outros programas usam o layout atual. Eu não acho que haja uma maneira de o Gnome usar o layout atual para seus atalhos.