Se por "reinicializar" você quer dizer se livrar do banco de dados antigo e começar de novo, então sim, você pode.
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Navegue até
~/Library/Application Support/OmniFocus
onde ~ representa seu diretório pessoal. -
Você deve encontrar
OmniFocus.ofocus
nesse local.
Se você quiser explodir tudo e começar de novo, simplesmente exclua este arquivo enquanto o OmniFocus estiver fechado, quando ele for reaberto, ele gerará um novo arquivo de banco de dados atualizado.
Se você está tendo problemas com algum outro aspecto do banco de dados, como o tamanho do arquivo sendo enorme ou algo parecido, dê uma olhada neste post do blog, ele pode ter algumas informações que você deseja. link