To give a specific example: I am creating a sprite sheet with a size of 240x240 (a 5x5 sheet of 48x48 sprites) and drag a 48x48 PNG file into it, the pasted gets resized (in this case by a factor of 2.5 to a size of 120x120).
Isso tudo soa estranho, mas também muito familiar. Para mim, isso parece um pouco de incompatibilidade de DPI entre as imagens.
O que significa que as imagens que você está tentando arrastar para a janela do espaço de trabalho do Photoshop podem ter uma DPI maior do que a área de trabalho real do Photoshop.
Eu recomendo que você mude o DPI das imagens para que elas se correspondam em algum nível; ou uma imagem recebe um DPI mais alto ou a outra obtém um DPI mais baixo, mas elas devem estar no mesmo DPI e, em seguida, tentar arrastá-las e soltá-las novamente.