Meu entendimento é que o mkv tem mais recursos que o mp4 baseado na documentação do site do programa handbrake. Pode ser bom para você ler também, se você ainda não o fez.
Por que alguém usaria o contêiner matroska quando o mp4 é muito mais compatível e tem pelo menos todos os recursos do mkv como contêiner?
Estou sentindo falta de algo?
Meu entendimento é que o mkv tem mais recursos que o mp4 baseado na documentação do site do programa handbrake. Pode ser bom para você ler também, se você ainda não o fez.
Tags mp4 video-encoding matroska