Como você tem apenas algumas centenas de arquivos, sugiro que use uma pesquisa binária para descobrir onde estão os arquivos inválidos.
Você começa comprimindo metade dos arquivos. Se ele reportar um arquivo inválido, volte e tente compactar metade desse conjunto. E assim por diante, até encontrar o (s) arquivo (s) inválido (s).
Depois você volta e faz o mesmo processo na segunda metade dos arquivos.
Embora seja um pouco trabalhoso, isso definitivamente localizará os arquivos ruins.