Parece que você tem um sistema multilib - x86_64 com pacotes i686 também instalados. Muitas vezes, esses pacotes compartilham arquivos, o que não é problema, desde que sejam exatamente idênticos. Parece que aqui você tem uma arquitetura atualizada, mas não a outra, e um arquivo compartilhado mudou.
A maneira mais fácil de sair disto é remover os pacotes i686. Neste caso,
sudo dnf remove libpng.i686 libgpg-error.i686 pcre.i686
deve fazer isso. Ele também pode remover um monte de dependências i686, o que é bom. Você sempre pode colocá-los de volta. Faça isso e, em seguida, atualize e, em seguida, coloque de volta os programas de 32 bits de que você realmente precisa.