Resolvi meu problema
O motivo da inversão dos meus arquivos e diretórios é devido ao ls -color . Testado e foi devido ao r em ls -colo r , por isso estava usando -r de ls invertendo a ordem. Eu não sei onde comecei a usar ls -color , talvez em um dos meus outros arquivos de ponto do meu computador Linux, mas esse era o problema no final, então acabei removendo apenas o ls -color , pois não fazer o que eu costumava pensar, bem como corrigir o meu problema de inversão.