Você pode abrir o PDF em um editor como o Adobe Acrobat -você pode baixar e instalar uma versão de teste ou PDFedit (um editor de código aberto e gratuito que funciona no Linux e no Windows que eu não tentei eu mesmo), mas se o PDF estiver protegido, talvez você não consiga remover a marca d'água.
Além disso, gostaria de perguntar ao professor se não há problema em remover a marca d'água, pois isso pode ter algo a ver com direitos autorais.