Eu consegui sintetizar este comando no MAC usando o parâmetro Rsync -R para copiar a estrutura de diretórios relativa do arquivo que eu estava copiando.
Sintaxe:
rsync -R <list of files to copy> <target dir>
Uso:
rsync -R foo/gen1.file foo/bar/gen2.file foo/gen3.bar bar/foo/bar.file ~/my-output/
Isso obtém o mesmo resultado, embora eu tenha certeza de que provavelmente há um pouco de sobrecarga adicionada ao uso de RSYNC em vez de CP