Eu tive o mesmo problema recentemente (Windows 7 / x64, FF v.17 ou mais) e eis o que me ajudou:
- O problema foi causado por um perfil quebrado do Firefox (por isso, reinstalar o Chrome não ajudaria);
- O perfil foi quebrado devido a alguns plug-ins mutuamente incompatíveis que fizeram o FF travar ao sair com o processo FF permanecendo na memória;
- Mesmo quando o processo de FF é forçosamente fechado, o perfil continua quebrado;
- Quando o Chrome está configurado para importar configurações do FF, parece que ele atualiza os favoritos a cada início;
Seu problema pode ou não ser o mesmo, basta verificar em uma sequência passo-a-passo:
- Desative a importação automática do FF para o Chrome removendo marcas de seleção em esta tela . Se você não precisar mais deles sincronizados, estará pronto;
- Verifique se o processo de FF está parado no momento da importação para o Chrome, use o Gerenciador de Tarefas; em seguida, tente novamente a importação;
- Desativar todos os plugins (não desinstalar, apenas desabilitar; você poderá restaurá-los rapidamente); tente fechar o FF com graça e tente importar novamente;
- Execute o FF no modo de segurança e deixe-o sair normalmente;
- Tente recuperar seu perfil do FF:
- Backup do seu perfil antes da recuperação (você parece ser capaz de fazer isso);
- Redefinir configurações de FF
- Tente importar novamente
No meu caso, não precisei me recuperar. Eu uso extensão FEBE para fins de backup, então eu encontrei um ponto em que o perfil era não quebrado.