Acho que essa é uma configuração de usuário, você pode precisar fazer isso para cada usuário ...
$ defaults write com.apple.LaunchServices LSHandlers -array-add '{LSHandlerContentType = "com.adobe.pdf"; LSHandlerRoleAll = "com.apple.preview";}'
Substitua "com.apple.preview" pelo CFBundleIdentifier do Adobe Reader (você o encontrará no Info.plist do aplicativo).
Tenha cuidado, se você executar duas vezes o comando, ele pode adicionar vários ao plist de com.apple.LaunchServices
O arquivo está localizado aqui: ~/Library//Preferences/com.apple.LaunchServices.plist