A resposta curta para minha pergunta é que o empréstimo de licença do MATLAB não funciona adequadamente com uma configuração de servidor de licença em tríade (redundante).
Falei com uma pessoa de TI da empresa do meu cliente que lutou com a questão "há um tempo atrás". Ele disse que depois de várias tentativas de corrigir o problema pelo suporte do Mathworks, eles concluíram o acima. Ter o servidor reler o arquivo de licença não ajuda. Eu estou supondo que este é um recurso pouco utilizado que não justifica o custo de correção.
Nossa solução com o cliente tem sido a de alertar os usuários sobre o uso de licenças apenas pelo tempo que julgarem necessário, e isso funciona bem, já que há apenas alguns usuários que precisam tomar emprestadas licenças para começar. com (para trabalho de campo).
Além disso, como o cliente possui a caixa de ferramentas do compilador do MATLAB, o cliente cria programas independentes e esses executáveis não precisam de uma licença depois de implementados.
Não é a resposta mais satisfatória, mas me livrou de bater minha cabeça contra a tela LCD. :)