Sim, normalmente você pode interagir com o Windows mesmo que eles estejam em segundo plano ou exibidos por um aplicativo oculto. Encontrar elementos da interface do usuário é a parte mais difícil.
tell application "System Events" to tell process "Finder" to tell window 1
-- properties of UI elements
-- {class, value} of UI elements of UI elements
-- buttons of group 1
repeat
click button 2
delay 3
end repeat
end tell
O script de interface do usuário não funciona, a menos que o acesso de dispositivos de assistência esteja ativado nas preferências de acessibilidade.