Clique com o botão direito do mouse no bloco relacionado ao aplicativo e, na barra de aplicativos que é lançada na parte inferior, selecione "Desmarcar a partir do início" para remover o atalho para o aplicativo que não seja o metrô.
Eu acho que você pode ter que agrupar manualmente blocos relacionados a aplicativos não metropolitanos e posicioná-los no final, já que a Barra de aplicativos e o Ajuste de configurações não parecem ter nada para automatizar sua necessidade.