Este é basicamente um subproduto do design do Windows - Aplicativos recebem "mensagens" em resposta a eventos da interface do usuário e cabe ao aplicativo fazer coisas como repintar a janela, redimensionar etc.
O Windows enviará ao aplicativo as "mensagens" apropriadas em resposta a eventos como cliques da interface do usuário, etc., mas o aplicativo pode ignorá-las completamente, e aplicativos geralmente mal projetados / portados podem fazer isso.
Um aplicativo projetado para "sentir" a interação A) interromperá o que está fazendo em vários momentos para processar essas mensagens, ou B) terá um thread separado que faz o trabalho real. Eu posso ver onde "sentir-se interativo" não é prioridade de design de alguns aplicativos, e se o aplicativo é de fato um ambiente de desenvolvimento para executar seus próprios programas, a responsabilidade de "sentir-se interativo" recai sobre você. Eu joguei com o Visual Studio e executar programas que acidentalmente criam loops infinitos, fazendo com que o uso da CPU do aplicativo atinja até 100% faz coisas parecidas com a interface do usuário.
Não consigo pensar no nome de nenhum desses programas agora, mas existem alguns programas que permitem que você faça a "área de trabalho múltipla" como muitos desktops Linux têm. Se você puder colocar suas instâncias do MATLAB em espaços de trabalho separados usando um programa desse tipo, isso poderá ajudar a evitar que você clique acidentalmente nele.