Isso porque você está ecoando a saída de $ at 08.00
em at_output.txt
.
Tente isso em vez disso.
$ at 08:00
./VM-run.sh > at_output.txt
^D
Então você receberá uma confirmação como essa.
job 1 at Sat Sep 24 08:00:00 2011
Editar: Como alternativa, para scripts de shell, você pode reestruturar o comando dessa maneira.
#!/bin/bash
./VM-run.sh > at_output.txt | at 08:00