Eu tenho um aplicativo que não funciona corretamente em uma conta de usuário padrão do XP, com botões ausentes e outros. Funciona corretamente sob uma conta de administrador. Eu exportei as configurações do registro do usuário atual do administrador para o aplicativo e as importei para as configurações do registro do usuário padrão. Parece funcionar agora, mas temo que possa haver repercussões imprevistas disso. Tudo bem fazer isso? Ok para fazer com algumas coisas para se manter em mente? Ou isso não deveria ser feito? Eu provavelmente deveria ter perguntado sobre fazer isso primeiro, mas tarde demais agora. Vou desinstalar o aplicativo e reinstalá-lo, se necessário.
Esse tipo de manipulação do registro geralmente é OK. Não há como ter certeza de que isso não causará problemas, mas como o aplicativo em questão claramente já tem problemas, eu não me preocuparia muito com isso.
Uma observação: você tem certeza de que estava copiando os dados do registro que resolveram o problema? É possível que ele estivesse sendo executado como um administrador que o corrigiu? Esse é um cenário muito mais comum.