Eu tenho o mesmo problema - o mencoder encerra 25% ou mais ao longo do caminho com a opção -mf:*jpg
.
Inicialmente usei o IrfanView e fiz uma conversão em lote de 100% de jpeg em um diretório.
Isso me disse que havia um arquivo de 0 bytes que não podia ser carregado por lá.
Porque meus arquivos são todos jpg de um cctv eles são todos do mesmo tamanho - 40k, então eu decidi que tudo o que tenho a fazer é procurar por arquivos < 38k e removê-los.
DIR /OS > Files_in_Size_Order_Smallest_First.txt
Em seguida, basta excluir os poucos arquivos que provavelmente estão corrompidos, com menos de 10k (mais arquivos bons são menores que 38k)