Eu não acho que você tenha um problema.
Se a sua ferramenta de particionamento estiver vendo a matriz RAID corretamente, o RAIDness do disco que está sendo particionado não importa.
Ouvi dizer que o layout atual de um disco moderno não é nada parecido com o que é relatado na ferramenta de particionamento - portanto, o que é visto como um limite de cilindro na ferramenta de particionamento provavelmente não é um mesmo. O aviso está lá apenas por razões históricas.
A razão para o aviso vem do fato de que o MS-DOS (eu acho, mas pode estar errado - não tem sido muito relevante por muito tempo) necessitou de partições que começaram e terminaram em um limite de cilindro. O Windows continuou com a tradição de garantir que as partições começassem a terminar em um limite de cilindro sem motivo, partições criadas externamente que não terminavam no limite funcionavam bem.