O problema é com o user-agent informado. É por isso que o proxy trabalhou com o wget e não com o apt-get.
Corri tcpdump -Ai eth0 port 8080
para ver como era o http e recebi uma mensagem "user agent não aprovada" do nosso proxy corporativo.
<...snip...>
<h1>ACCESS DENIED</h1>
<p>The software you are accessing the internet with is not reporting an
approved "User-Agent"</p>
<...snip...>
O Ubuntu Manpage tinha uma seção que explica esse parâmetro de configuração.
Adquirir :: http :: User-Agent pode ser usado para definir um User-Agent diferente para o método de download http, pois alguns proxies permitem acesso para clientes somente se o cliente usar um identificador conhecido.
erro do apt-get 307 fornecido a sintaxe necessária, basta adicionar o seguinte sintaxe para /etc/apt/apt.conf.d/30proxy
(ou o que você escolher).
Acquire::http::User-Agent "Mozilla/5.0 (compatible; MSIE 10.0; Windows NT 6.1; Trident/6.0)";
Agora, as atualizações do apt-get passam na perfeição.
root@server:/etc/apt/apt.conf.d# apt-get update
Hit http://security.ubuntu.com precise-security Release.gpg
Hit http://us.archive.ubuntu.com precise Release.gpg
<...snip...>
Hit http://us.archive.ubuntu.com precise-backports/multiverse Translation-en
Hit http://us.archive.ubuntu.com precise-backports/restricted Translation-en
Hit http://us.archive.ubuntu.com precise-backports/universe Translation-en
Reading package lists... Done