Eu estava tendo o mesmo problema com uma Canon PIXMA MG5200.
Toda vez que eu tentei escanear a partir do botão no scanner, ele me pedia para permitir 'Canon IJ Network Scanner Selector.app' ou 'MP Navigator EX 4.0.app' aceitar conexões de entrada.
Verifiquei as configurações avançadas do firewall e os dois aplicativos já foram listados para permitir conexões de entrada.
Tentei removê-los e adicioná-los novamente, mas sem sucesso.
Por fim, usei o Utilitário de Disco para 'Reparar Permissões de Disco' na unidade do meu sistema. Ele passou e alterou permissões / propriedade em vários arquivos do utilitário da Canon. Então eu reiniciei e desde então tem funcionado bem - sem mais prompts.
Tente e veja como você está.