Na FAQ da JavaHL :
There is currently a bug in the new support for GNOME keyring in Subversion 1.6. It works OK when using the command line, but not when other users of the libraries use it. Until this is fixed, you can workaround the problem by turning off this feature.
A solução é colocar a linha
password-stores =
em ~/.subversion/config
, efetivamente desativando o chaveiro.
Essa foi uma resposta da lista de e-mails da subclipse .