Existe um interruptor no Diff.exe para ignorar o Target?
Sim.
--no-dereference
Act on symbolic links themselves instead of what they point to. Two symbolic links are deemed equal only when each points to precisely the same name.
Fonte Comparando e mesclando arquivos - Opções para diferenciar
É aconselhável dizer ao Diff para ignorar o Target?
Só você pode responder isso. Depende do que você está tentando alcançar.