Não.
Quando o Ubuntu atualiza, ele desativa repositórios de terceiros e PPAs. Às vezes (mas não o tempo todo com certos pacotes), será necessário remover esses pacotes para que a atualização prossiga.
Em certos casos, como o Cinnamon (que eu vejo em 13.10), uma atualização no local é possível, mas isso realmente depende das diferenças entre os pacotes no PPA e os da distribuição.
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