Pelo que eu posso deduzir, parece que seu problema está nos aplicativos personalizados em ~/.local/share/applications
.
Basta limpar esta pasta: rm -rf ~/.local/share/applications/*/*
e tudo ficará bem.
Por favor, note que seus aplicativos agora não serão exibidos novamente. Sugiro removê-los do Wine e instalá-los com PlayOnLinux . Esta aplicação irá garantir que você obtenha os ícones corretos (embora em seu lançador em Unity eles ainda mostrarão com ícones do Wine).