Não há nada que realmente o impeça de instalar vários ambientes de área de trabalho. É seguro fazê-lo.
No entanto, a questão principal é que cada ambiente vem com seu próprio conjunto de aplicativos padrão. Isso pode deixar seu menu muito confuso com aplicativos de cada ambiente em que o aplicativo não está especificamente limitado a uma área de trabalho específica.
Eu pessoalmente tenho vários convidados virtuais, cada um com uma única distro de área de trabalho e todos vinculados à pasta comum para permitir o compartilhamento de arquivos. Eu posso então pular entre a distro rapidamente em uma única área de trabalho sem sair e entrar.