Acredito que você deve investigar o uso do comando iniciar no arquivo em lotes em vez de chamar as aplicações diretamente. Isso permitirá que os aplicativos sejam iniciados, mas a execução do script continuará. Não sei ao certo o que o explorer.exe = taskmgr.exe faz por você, pois este artigo parece ser tratado de forma equivalente a um caractere de espaço, mas um script de exemplo que inicia ambos os aplicativos com alta prioridade e sai segue:
start /high taskmgr.exe
start /high explorer.exe
exit