Para arquivos html, encontrei essa funcionalidade em Tools - > Filters - > %código%. Observe que você precisa do HTML Tidy instalado 1 . Eu pessoalmente prefiro também ter o arquivo auto-indentado: Tidy HTML - > Edit - > Preferences - > External filters .
Além disso, para arquivos xml, você pode adicionar um novo rótulo "Tidy XML" com o comando correspondente Tidy XML: |tidy -i| .
1 No Gentoo: |tidy -xml -i| ; no Debian, sudo emerge -v app-text/htmltidy ; no Fedora, eu acho que sudo apt-get install tidy ?