Ter um repositório do git / funciona bem, exceto pelo fato de que ele dificulta perceber quando você tem um repositório do git de nível mais baixo com problemas, pois ele responderá para todos eles.
Nota: é menos trabalhoso e provavelmente mais útil usar 'debsums'
sudo apt-get install debsums
O que permitirá que você detecte rapidamente (a maioria) alterações em binários ou em arquivos de configuração.
Como exemplo dos pacotes instalados, aqui estão aqueles que diferem dos pacotes upstream.
$ sudo debsums -c
/boot/vmlinuz-4.10.0-19-generic
E você pode obter uma lista de arquivos de configuração alterados com:
$ sudo debsums -ec
debsums: missing file /etc/default/chromium-browser (from chromium-browser package)
/etc/libvirt/libvirt.conf
<snip>
Observe como o navegador chromium é empacotado incorretamente e possui um arquivo listado na lista de arquivos de pacote que não existe.
/var/lib/dpkg/info/chromium-browser.list
Isso usa os dados do dpkg e evita um grande diretório / workflow /.git.