UPDATE: Eu acho que se você sincronizar a pasta que contém o bloco de notas para um computador usando o cliente onedrive, você poderá removê-lo e o OneNote se classificará.
Você não pode fazer isso na interface da Web, pois isso inicia automaticamente a interface do OneNote.com na pasta que contém o bloco de anotações.
Se você quiser ajuda da Microsoft para este serviço ao consumidor, você deve usar o recurso de feedback. Alternativamente, experimente um dos fóruns:
Talvez você tenha salvado o documento na pasta que contém o bloco de anotações? Se assim for, não apareceria no próprio notebook do OnceNote, pois o processamento só funciona de uma maneira. Isso significa que se você adicionar o documento no bloco de anotações usando o cliente do OneNote, ele irá para a pasta do SO, mas colocar algo direto na pasta não fará com que apareça na interface do OneNote.
Se este for o caso, basta navegar para a pasta do sistema operacional usando o Windows Explorer. Qualquer bloco de anotações que você tenha aberto no cliente do OneNote é armazenado em cache no seu PC. Portanto, encontre a pasta no seu PC e esperamos que você encontre o arquivo do documento. Arraste-o para algum lugar conveniente.
Observe que os blocos de anotações do OneNote são, na verdade, uma coleção de pastas e arquivos (XML compactados). Quando armazenados em uma unidade de rede, como o SharePoint ou o OneDrive ou uma unidade compartilhada, eles são armazenados em cache localmente e sincronizados conforme necessário.