Aqui está o problema: os slides devem ser vistos colocando luz através deles por trás. Seu scanner está tentando ressaltar a luz frontal, o que simplesmente não funciona bem, resultando em cores terríveis. O que você precisa é de um scanner com um hardware chamado Adaptador de mídia transparente ou TMA. Um TMA é uma tampa para o scanner que possui uma fonte de luz embutida que ilumina tudo o que você coloca no scanner. A luz refletora na barra do scanner é desativada, e você pode tirar boas fotos de slides, com luz de fundo como deveriam estar.
Os TMAs estão disponíveis como acessório para muitos scanners autônomos de boa qualidade, mas podem ser caros, especialmente se você tiver um scanner de baixo custo ou um scanner multifuncional sem suporte para um complemento TMA (nesse caso, você precisaria de um novo scanner). Então você pode querer pensar em pagar alguém para fazer a varredura; muitas lojas de câmeras oferecem esse serviço.