Contanto que você precise descriptografar seus arquivos para acessá-los, não sei como você pode ocultar o fato de que a criptografia / descriptografia ocorre na máquina.
Se você está tentando se proteger no caso de ser forçado a desistir de sua senha, há algo que você pode fazer com TrueCrypt. Crie um volume oculto. Isso essencialmente configura um volume TrueCrypt incorporado dentro de outro volume TrueCryt.
O volume interno contém os dados que você está tentando proteger e você os criptografa usando uma senha segura que você conhece.
O volume externo serve como uma espécie de "pote de mel". Você coloca arquivos lá que parecem que você gostaria de protegê-los, mas não são realmente sensíveis. Se sob pressão, você pode desistir da senha externa (diferente daquela para o volume interno) e quem estiver perguntando a senha verá os dados insensíveis.
Como os volumes de TC sempre ocupam uma quantidade fixa de espaço em disco, você pode negar a existência do volume incorporado. TC fornece uma interface agradável para isso. Do lado de fora é muito transparente. Dê a senha para o volume interno, você obtém seus dados. Dê a senha para o volume externo e você só receberá seus dados.
Você pode ler mais sobre como usar esse recurso do TrueCrypt em: