As duas soluções abaixo podem ser úteis para você.
É possível criptografar um único diretório (ou um grupo de diretórios) de um Mac? É possível com software de terceiros?
outra solução de terceiros é truecrypt . Eu uso com o OS X, Ubuntu e Windows.
TrueCrypt é de código aberto.
Parece que você editou sua pergunta para que ela agora se refira a diretórios criptografados, não a volumes. Embora você não possa criptografar diretórios diretamente, até onde eu saiba, você pode usar imagens de disco criptografadas para proteger arquivos no disco rígido sem criptografar toda a unidade.
Para uma solução de terceiros, eu recomendaria a criptografia de todo o disco PGP link