Você deve ser capaz de usar XCopy para copiar seus arquivos para uma nova unidade. Os seguintes itens devem funcionar, mas teste primeiro alguns dados de amostra:
xcopy /s e:\*.pdf d:\
O texto acima recursivamente copiará todos os arquivos pdf da sua unidade e para a unidade d. Altere a origem (e) e o destino (d) conforme necessário.
Não sei como incluir todos os tipos de arquivo, portanto, talvez seja necessário executar o script várias vezes e alterar o tipo de arquivo para cada execução.
Verifique a documentação do XCopy para outros switches que você possa precisar.