Você está fazendo a pergunta errada se quiser uma resposta diferente de " Não " - o root não pode ser impedido de fazer qualquer coisa (incluindo a alteração de permissões, mas pode * deity * define permissões tão restritas que nem mesmo elas podem contorná-las?).
O que você provavelmente quer é poder dar alguns privilégios administrativos (instalando programas e outros) aos usuários sem torná-los onipotentes no sistema. Para isso, você pode usar, e. sudo
com restrições em um nível de usuário / grupo.