O Ubuntu diferencia entre as compilações do sistema de arquivos (formatos ISO) e exibe o ícone relevante.
O ícone USB padrão é para dispositivos genéricos de mídia removível. Aquele com o stick usb roxo é para sistemas de arquivos UDF (Info aqui ). O ícone maior é para dispositivos de armazenamento em massa.
Você pode se deparar com qualquer um deles, dependendo das especificações de hardware do dispositivo.