Existe uma ferramenta aprovada pela Microsoft chamada Process Monitor que pode mostrar operações de arquivo, incluindo leitura, modificação e excluir. Ele exibirá o processo que executou o comando, bem como outras informações de identificação.
Como você pode reproduzir facilmente seu problema, é possível "gravar" o que o computador faz enquanto executa essas etapas e, em seguida, filtrar os eventos capturados com base em determinados critérios. No seu caso, você estaria procurando "java.exe "como o arquivo manipulado.