Atualizações do Windows incluem as atualizações de segurança. Esse é o ponto principal do processo.
Contanto que você tenha certeza de não perder nenhuma, você pode baixar e instalar cada atualização individualmente da Microsoft manualmente, sem precisar executar o Windows Update, e ter um sistema totalmente corrigido . Com mais de 100 atualizações para o XP SP3 e 82 da última vez que eu reinstalei o Windows 7, é maneira mais fácil apenas deixar o Windows Update lidar com isso.
Também é uma idéia muito melhor permitir que o Windows Update aplique-as automaticamente do que arriscar que você não procure novas atualizações por um tempo, terminando assim desprotegidas. Se você realmente quiser tentar fazer isso manualmente, vale a pena lembrar que a Microsoft lança novas atualizações na segunda terça-feira de cada mês (a próxima é daqui a apenas 4 dias). Houve ocasiões em que uma vulnerabilidade foi importante o suficiente para interromper o ciclo de atualização mensal e ser liberada mais cedo. Nessas situações, você não quer ser deixado de fora no frio porque faz isso manualmente.