Cheguei a uma solução baseada na idéia de Brian de selecionar a chave ssh manualmente. Para isso eu adicionei a opção -F
que especifica o caminho para a configuração. Agora, o argumento que estou adicionando ao rsync é semelhante ao seguinte: -e "ssh -i $HOME/.ssh/id_rsa -F $HOME/.ssh/config"
.