Acho que você está procurando a opção 'usuário' do qstat. qstat -u username lista todos os trabalhos pertencentes ao usuário especificado. Caracteres curinga podem ser incluídos com uma barra invertida: qstat -u \ * lista todos os trabalhos.
Para responder a sua pergunta específica (total de tarefas), você pode usar o wc para contar as linhas que o qstat envia:
qstat -u username | wc -l
Mas isso dará mais dois do que os trabalhos reais, porque o qstat tem duas linhas de cabeçalho. Então, o comando completo que você pode querer é:
expr $ (qstat -u nome de usuário | wc -l) - 2
Que solicita os trabalhos pelo nome de usuário, conta o número de linhas e subtrai 2.